У ЧН Підземелля має більшу територію, ніж у ТЧ, це пов'язано з тим, що його треба затопити на прохання Крилова, лідера «Долгу» у 2011 році. За його думкою, це спинить мутантів, які вилазять на поверхню з підземелля й сильно дошкуляють угрупуванню. Можливо саме наявна на нижньому рівні підземелля водоперегінна установка і є причиною обміління сусіднього озера Янтар. Після її вимкнення, велика частина підземних комунікацій під НДІ «Агропром» виявляється затопленою, ймовірно перекривши цим доступ до таємної лабораторії.
Одна з ключових локацій у ТЧ. Тут гравець зустрічає найнебезпечніших мутантів Зони — кровососа і контролера, а також знаходить перші обширні відомості про групу Стрільця. Від попереднього підземного комплексу нам залишилась доволі невелика його площа, за якою неможливо зрозуміти, які досліди тут здійснювали. Катакомби, прилеглі до підвалу самого НДІ патрулюються військовими, присланими сюди у покарання за свої провини, дальня частина тунелів облюбована групою бандитів, які періодично вилазять на поверхню. Решта підземелля порожня, якщо не враховувати кровососів(спочатку один, далі, при повторному відвідуванні, можна зустріти до трьох особин), які поступово облюбували ці сирі місця, та контролера, який невідомо звідки взявся.